STUDENCKI KLASTER OBLICZENIOWY

Studencki klaster został utworzony w celu optymalniejszego wykorzystania istniejących zasobów obliczeniowych Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego z inicjatywy Doktoranckiego Koła Naukowego Bioinformatyki.

Powstanie klastra zostało częściowo sfinansowane przez Konsorcjum Wrocławskie Centrum Biotechnologii.

Projekty realizowane z wykorzystaniem studenckiego klastra obliczeniowego zebrane są w repozytorium klastra: https://github.com/michbur/studencki-klaster-obliczeniowy/.

Specyfikacja

Studencki klaster obliczeniowy jest oparty na Terascale Open-source Resource and QUEue Manager (TORQUE).

Klaster tworzą serwer i węzły o następujących parametrach:

  • serwer: procesor i7-920 (4 rdzenie, taktowanie 2.67 GHz), pamięć RAM 8GB, dysk 1 TB,
  • węzły: procesor i5-3470 (160 rdzeni, taktowanie 3.20 GHz), pamięć RAM 4 GB DDR3, dysk 300 GB.

Zainstalowany system operacyjny to Ubuntu 16.04 (LTS). Oprogramowanie może być doinstalowywane wyłącznie przez administratora klastra na życzenie użytkowników klastra.

Regulamin
  1. Studencki klaster obliczeniowy (dalej: klaster) jest dostępny do użytku pracowników i studentów ze wszystkich jednostek należących do Konsorcjum Wrocławskie Centrum Biotechnologii.
  2. W celu uzyskania dostępu do klastra należy skontaktować się z przewodniczącym Doktoranckiego Koła Bioinformatyki. W zgłoszeniu projektu obliczeniowego należy podać:
    • imię i nazwisko,
    • imię i nazwisko opiekuna naukowego (tylko w przypadku projektów studenckich),
    • afiliację zgłaszającego (w przypadku studenta afiliację opiekuna naukowego),
    • krótki opis projektu (ok. 200-300 znaków bez znaków białych) w języku polskim i angielskim,
    • niezbędną liczbę rdzeni,
    • przewidywany czas obliczeń.
  3. Obliczenia trwające dłużej niż czas zadeklarowany w zgłoszeniu projektu mogą zostać zatrzymane przez administrację klastra bez konsultacji z użytkownikiem.
  4. W przypadku dużego obłożenia klastra administracja rozdziela zasoby obliczeniowe klastra między zgłoszone projekty.
  5. Wykonanie obliczeń na klastrze oznacza zgodę na publikację kodów użytych podczas pracy z wykorzystaniem zasobów klastra (w tym skryptu kolejkowego).
  6. Konta użytkowników nieaktywnych dłużej niż 30 dni mogą zostać skasowane bez uprzedzenia, a administracja klastra nie ponosi odpowiedzialności za utracone dane.
  7. Ponieważ klaster wykorzystuje komputery znajdujące się na pracowni studenckiej, nie może być eksploatowany w czasie zajęć dydaktycznych. Prosimy o konsultację godzin planowanych pracy klastra z zespołem dydaktycznym Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Wrocławskiego.
Dostęp

W celu użycia klastra w katalogu share należy przygotować skrypt zarządzający kolejką (queue.sh) i skrypt pojedynczego zadania. Przykładowe skrypty można pobrać z repozytorium klastra.

Przykładowy plik queue.sh.

 #!/bin/bash

iterator=1

while [ ${iterator} -le 2 ] do

./single_job.sh ${iterator}

iterator=$((iterator+1)) done 

Należy się upewnić, że oprogramowanie (w tym kompilatory) niezbędne do wykonania obliczeń jest zainstalowane na klastrze. Kompilację programu należy wykonywać na jednym z węzłów po zalogowaniu się tam za pomocą ssh.

Listę dostępnych w danej chwili węzłów można uzyskać za pomocą komendy pbsnodes.

Inne informacje o użytkowniu klastrów opartych na TORQUE można znaleźć np. TUTAJ.

kontakt

Administrator klastra (sprawy techniczne): Rashad Al-Yawir.

Przewodniczący Doktoranckiego Koła Naukowego Bioinformatyki (przydział zasobów obliczeniowych klastra): Michał Burdukiewicz.